Em 1968, Eduardo era secundarista quando se ligou ao Partido Socialista Revolucionário Brasileiro (PSRB). Este grupo se desfez em 1969 e Eduardo filiou-se à Corrente, de Minas Gerais. No fim do mesmo ano, com a captura da maioria dos ativistas desse agrupamento, passou a viver na clandestinidade e mudou-se para São Paulo, onde passou a militar na ALN.

Em 1971 Eduardo teria sido metralhado durante assalto a um jipe do Exército, junto com mais três militantes da ALN, em emboscada montada pelos órgãos de segurança na rua João Moura, na altura do nº 2.358, no bairro do Sumarezinho, em São Paulo (SP). Os outros militantes envolvidos com o caso eram Manuel José Nunes Mendes de Abreu, Antônio Sérgio de Mattos e Ana Maria Nacinovic Corrêa, que fugiu e foi assassinada posteriormente, no dia 14 de junho de 1972, junto com outros militantes e dirigentes da ALN, em São Paulo, na Mooca.

Os relatórios oficiais dos ministérios da Marinha e da Aeronáutica, encaminhados ao ministro da Justiça Maurício Corrêa em 1993, mantêm a versão policial dada.

Eduardo Antônio da Fonseca foi sepultado pela família no Cemitério São Pedro, em 30 de outubro de 1971.

Em homenagem a Eduardo, a cidade de Belo Horizonte deu o seu nome a uma rua situada no bairro Serra Verde. Eduardo era casado com Walderês Nunes Fonseca, também presa e perseguida política.

(Fontes: Dossiê Ditadura: Mortos e Desaparecidos no Brasil (1964-1985), 2009, p. 281-284).

Na CEMDP, os três casos dos militantes envolvidos no caso da rua João Moura foram analisados em conjunto, havendo intensos debates, com voto inicial de indeferimento dos três casos seguido de mais de um pedido de vistas. O relator Nilmário Miranda e a conselheira Suzana Keniger Lisbôa examinaram exaustivamente os documentos localizados. 
Ao voto do relator Nilmário Miranda dos três casos na CEMDP, houve dois pedidos de vistas, e os dois relatórios apresentados pelo conselheiro Luís Francisco Carvalho Filho apontavam o deferimento dos pedidos dos familiares de Antônio Sérgio e Eduardo Antônio, e destacavam:

A natureza dos ferimentos, a inexplicável demora da chegada dos corpos ao IML, a característica da ocorrência imputada às vítimas – tentativa de assalto a um jeep do Exército –, aliada à certeza de que, em diversos outros casos, militantes feridos foram conduzidos a estabelecimentos militares e não a hospital para o devido atendimento médico, evidenciam que pode, de fato, ter ocorrido um tiroteio entre os agentes e os militantes, contudo, há fortes indícios de que eles ou um ou dois deles permaneceram vivos em poder dos agentes públicos até a morte por um lapso de tempo razoável até que se verificasse o óbito.

Na primeira fase da CEMDP, apenas o caso de Eduardo (307/96) foi deferido por 6 votos a 1, vencido o voto do general Oswaldo Pereira Gomes, em 9 de fevereiro de 1998. O requerimento da família de Antônio Sérgio de Mattos (233/96) foi indeferido por 4 votos a 3, vencidos o relator e os conselheiros Suzana Keniger Lisbôa e Luís Francisco Carvalho Filho, em 9 de fevereiro de 1998. Após a edição da lei 10.875/04, com a apresentação de um novo requerimento (083/02), tendo como relatora Suzana Keniger Lisbôa, o pedido foi deferido por unanimidade em 26 de agosto de 2004.
O requerimento da família de Manuel José (363/96) foi indeferido por ter sido protocolado fora do prazo. Após a edição da lei 10.875/04, que reabriu o prazo para apresentação de requerimentos, o segundo pedido (032/02) foi deferido por unanimidade em 7 de outubro de 2004, tendo como relatora Suzana Keniger Lisbôa.
O nome de Eduardo Antônio da Fonseca consta no Dossiê ditadura: Mortos e Desaparecidos no Brasil (1964-1985) organizado pela Comissão de Familiares de Mortos e Desaparecidos Políticos

Em 23 de setembro de 1971, quatro militantes da ALN caíram em emboscada montada pelos órgãos de segurança na rua João Moura, na altura do nº 2.358, no bairro do Sumarezinho, em São Paulo (SP). Ana Maria Nacinovic Corrêa era a única mulher do grupo e conseguiu escapar sem ser presa, sendo executada posteriormente, em 14 de junho de 1972.
Os órgãos da repressão montaram a emboscada colocando na rua um jipe do Exército, aparentemente com problemas, e soldados parados à volta portando metralhadoras.
Em um caminhão baú da Folha de São Paulo ficaram escondidos os agentes do DOI-CODI/SP. A versão oficial registrou que os três militantes morreram no local, ao tentar assaltar o jipe.De acordo com Suzana K. Lisboa (na 117ª audiência da Comissão da Verdade do Estado de São Paulo Rubens Paiva, no dia 19 de março de 2014), é de Ana Maria a informação sobre a utilização do caminhão baú da “Folha de São Paulo” na ação.
Apesar de terem ocorrido três mortes violentas, estranhamente, não houve perícia de local. De acordo com Suzana K. Lisboa (op. cit.):  

[...] houve [...] uma emboscada em que os órgãos de segurança se prepararam para matar, eles se organizaram para matar. E fica mais estranho ainda saber que eles não tenham feito isso de forma contínua, realizando, por exemplo, a perícia de local, mostrando as armas nas mãos de cada um dos militantes [...].

As requisições de exame necroscópico ao IML foram assinadas pelo delegado do DOPS/SP, Alcides Cintra Bueno Filho, e os laudos necroscópicos pelos legistas Isaac Abramovitc e Antônio Valentini.
As primeiras contradições surgiram nos próprios documentos oficiais. Antônio Sérgio e Manuel teriam sido encontrados mortos às 16 horas, enquanto Eduardo teria sido encontrado às 15 horas. Os corpos dos três deram entrada no IML às 18h40min, apesar do local dos fatos ser muito próximo à sede do IML.
No laudo de Antônio Sérgio, os legistas relataram dois ferimentos à bala no pescoço e na traqueia e ferimentos não causados por arma de fogo, feitos por instrumento não descrito, mas que levam a supor que tenham sido feitos com proximidade física do agressor. O laudo de Eduardo apresentava dois tiros na região glútea e dois nas pernas capazes de imobilizá-lo, mas não de provocar a morte imediata.
Manuel apresentava orifício de entrada de projétil de arma de fogo na face dorsal da mão direita, característico de reação instintiva de defesa para disparos à queima-roupa. E, ainda, um orifício de entrada de projétil na altura da omoplata esquerda e saída na face anterior do hemitórax esquerdo, após fraturar a clavícula e os segundo e terceiro arcos anteriores esquerdos – tiro dado de cima para baixo e, pela descrição da trajetória, poder-se-ia deduzir que fora dado quando estava dominado e de joelhos. Escoriações nos dois joelhos e no nariz foram anotadas pelos legistas.
As fotos de seus corpos mostram equimoses e edemas não descritos. A de Antônio Sérgio mostra apenas o rosto, com o tórax encoberto, e um objeto junto ao pescoço, que se assemelha a um gancho. A de Manuel José mostra evidentes sinais de tortura, e nenhum dos tiros que recebeu seria fatal.
Suzana k. Lisboa, na 117ª audiência da Comissão da Verdade do Estado de São Paulo Rubens Paiva, no dia 19 de março de 2014 depõe sobre o caso: 

O Eduardo Antônio da Fonseca aparece como morto uma hora  antes dos outros. O laudo de necropsia descreve quatro tiros nos órgãos inferiores. Ele tem um ferimento no sulco glúteo esquerdo, que depois de fraturar o fêmur e provocar ferimento na artéria femoral, saiu no anteromedial, saiu na coxa esquerda, na parte medial da coxa esquerda. Ele tem escoriações que são mostradas – inclusive uma provocada por raspão de projétil de arma de fogo, mas que a gente não tem foto para ver, que é na fossa ilíaca – tem um ferimento na perna esquerda e tem outro no glúteo direito que transfixou o rim e saiu na região lombar. Tem também contusão no terço superior da perna direita. Segundo, na época, as informações que a gente teve de análise rápida dos legistas, nenhum desses tiros poderia ter causado a morte imediata, a não ser que tenha havido realmente a omissão de socorro. [...] Ele teve dois tiros na região glútea e dois nas pernas. Então, esses disparos já imobilizaram, impedindo a fuga, ou ele foi retirado dali e foi levado para algum lugar, ou não se sabe.

No requerimento encaminhado à CEMDP, Maria Fernanda Mendes de Abreu, irmã de Manuel, relatou os fatos presenciados pela família à época:

Manuel, segundo seus companheiros, teria sido levado para o DOI-CODI paulista onde teria sido espancado, levado choques e que teria morrido em virtude da aplicação da chamada “coroa de Cristo”. A requerente recebeu o corpo de Manuel das mãos de policiais do DOI-CODI/SP que exigiram dela sigilo total. Em seguida os policiais invadiram o quarto de Manuel levando todos os seus livros, cadernos e documentos pessoais. Ao abrir o caixão verificou as inúmeras violências sofridas por Manuel (vários hematomas). Sua cabeça não tinha perfurações, mas estava toda afundada.

Não foi possível determinar com precisão, baseando-se nos dados extraídos dos documentos
encontrados, como e onde morreram.
Eduardo Antônio da Fonseca foi sepultado pela família no Cemitério São Pedro, em 30 de outubro de 1971

Rua João Moura, na altura do nº 2.358, no bairro do Sumarezinho, em São Paulo (SP).

1. Cadeia de Comando do(s) órgão(s) envolvido(s) na morte ou desaparecimento forçado

As requisições dos exames necroscópicos foram assinadas pelo delegado do DOPS, Alcides Cintra Bueno Filho, e os laudos necroscópicos foram feitos pelos Médicos Legistas do IML Isaac Abramovitc e do Antônio Valentini.

2. Autorias de graves violações de direitos humanos

1. Documentos que elucidam as circunstâncias da morte ou desaparecimento forçado

2. Testemunhos sobre o caso prestados à CNV ou às comissões parceiras

3. Depoimentos de agentes do Estado sobre o caso, prestados à CNV ou às comissões parceiras

Diante das circunstâncias do caso e das investigações realizadas, pôde-se concluir que a vítima foi executada por agentes do Estado brasileiro, restando uma forjada versão oficial de tiroteio, divulgada à época dos fatos.

Recomendações:

• Cabe ao estado brasileiro esclarecer em que circunstâncias se deram a morte de Eduardo Antônio da Fonseca e responsabilizar os agentes públicos  que  cometeram tais crimes. Recomenda-se também a retificação de seu atestado de óbito. Que o Estado brasileiro reconheça e declare a condição de anistiado político de Eduardo Antônio da Fonseca, pedindo oficialmente perdão pelos atos de exceção e violações de direitos humanos que foram praticados contra ele.
• Recomenda-se cobrar explicações da “Folha de São Paulo” e do Comando da II Região Militar do Exército Brasileiro, sobre o fornecimento de suporte para a emboscada. O incidente deveria ter provocado um inquérito.